Durante sus años estudiantiles universitarios, y como reacción a la grave situación nacional que atravesaba el Perú en la década de los ’90 , y en particular la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, su Alma Máter, Marco Huaco aceptó nominarse a la Secretaría General del Centro Federado de la Facultad de Derecho, cargo que asumió en 1995 junto con la Presidencia de la Coordinadora de Gremios estudiantiles de todo San Marcos, liderando de forma arriesgada entre 1994 y 1996 la defensa de la democracia y de la Universidad contra la dictadura cívico-militar fujimontesinista y contra el terrorismo ultra-izquierdista.
Hacia el final de su carrera universitaria se reencuentra con sus raíces cristianas dejando su filiación ideológica marxista universitaria, y pasa a formar parte de la iglesia «Adventista del Séptimo Día», todo ello sin renunciar a su interés por los asuntos públicos. Debido a este peculiar itinerario personal se interesa especialmente por el aseguramiento de garantías plenas al ejercicio de las libertades de pensamiento, de conciencia y de religión en el marco de un Estado plenamente laico y democrático.
Terminada y sustentada su Tesis de Abogado (sobre el Derecho de Libertad Religiosa en el Perú) con máxima calificación del Jurado, egresó de San Marcos y se dedicó de lleno a la vida profesional privada, en tanto asesor legal de organismos de cooperación técnica internacional en asuntos jurídicos y proyectos sociales, ambientales, interculturales y de políticas públicas.
Un convencido del rol crítico que al jurista le corresponde ejercer sobre los asuntos públicos más allá de cómodas posturas políticamente correctas, Marco Huaco ha publicado varios libros, diversos artículos de opinión e investigaciones en los que plantea una perspectiva aconfesional y laica sobre las controvertidas materias de los derechos sexuales y reproductivos, de la libertad religiosa y de las relaciones entre las agrupaciones religiosas y el Estado llegando a presentar en su calidad de ciudadano una propuesta sobre Laicidad del Estado publicada en el Portal del Congreso de la República en el marco del debate constitucional del año 2002.
Posteriormente, retorna a la vida pública incorporándose como asesor parlamentario de una bancada de orientación de izquierda y pasa a formar parte de una agrupación político partidaria de izquierda ambientalista hasta 2019, fecha en que se retiró de la misma.
Como producto de su itinerario de pensamiento y de experiencias vitales, Marco Huaco anunció públicamente en 2023 su alejamiento completo y definitivo del espectro de izquierda y su acercamiento a posiciones más bien de carácter nacionalista, equidistante de polos ideológicos, postura que sostiene en la actualidad.
M. Huaco defiende y promueve que el Perú construya un Proyecto Nacional que al fin cumpla la tarea histórica pendiente de construir una Nación y una República unidas en torno a una visión común pero basada en la diversidad y rica herencia étnica y cultural de su población, transitando un camino propio, soberano, solidario y responsable hacia sus futuras generaciones.
Tal Proyecto Nacional no debe ni puede subordinarse a camisas de fuerza ideológicas que limiten el potencial de desarrollo nacional, sino únicamente supeditarse al logro de los intereses nacionales proyectados sobre el ámbito interno y externo, entendidos dichos intereses conforme a los principios de una República intercultural y al respeto de los derechos humanos.