Marco Huaco se ha desempeñado como docente de Derecho Corporativo (Derecho Laboral, Sociedades y Tributario) en la Universidad Peruana Unión, como docente de Ciencia Política en la Escuela de Ciencia Política de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos y como docente de Derechos Humanos en la Facultad de Derecho de la mencionada Universidad.
Además, ha sido conferencista y profesor en numerosos Diplomados internacionales en materia de derechos de los pueblos indígenas, interculturalidad, derecho de libertad religiosa y de relaciones Iglesia-Estado en el Perú y en América Latina.
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